试管婴儿也不能随便做胎儿性别鉴定，不能任意挑选宝宝的性别。自然受孕的宝宝，男女性别出生的比例为1:1，而试管婴儿的性别比例也基本遵循大自然的生存规则。
目前的试管婴儿技术分为第一代、第二代和第三代。但无论第一代还是第二代，肉眼都无法判断体外的精子是到底是X精子还是Y精子，因此在体外受精的过程中，生殖科医师无法操控精子去受精。
对于第三代婴儿来说，患有严重的家族遗传性疾病的合法夫妻需要做胚胎染色体鉴定。
比如夫妻一方或双方患有地中海贫血或染色体平衡易位，这些疾病对后代有很高的致病风险，但他们也有生出健康宝宝的机会。
生殖科医师会对胚胎进行遗传学鉴定，去除携带重型致病基因的胚胎，减少遗传病的发生，帮助患病夫妇生出健康宝宝。这项技术在鉴定有无携带致病染色体的同时，是可以知道胎儿的性别的。即使是这样，医生也不会主动告诉病人胎儿的性别。
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