话说一天,二师姐跟我抱怨说,她可以轻松的获得一些关系对,例如蛋白互作关系对、miRNA调控关系对、lncRNA调控关系对、转录调控关系对及共表达关系对,然后用cytoscape软件做图时获得的网络图不好看 。四师姐最擅长这个软件使用,二师姐抹不开面子让去偷师并写成了详细的秘籍给她 。
文章插图
聪明的我一天就搞定了 。秘籍分成了:(一)软件下载安装、打开保存和导入导出;(二)三大属性调整:节点属性、边的属性和背景属性;(三)规则修改;(四)网络layout;(五)app插件
今天我们学习第一篇:软件下载安装、打开保存和导入导出 。
Cytoscape的官网是https://cytoscape.org/,目前最新版本是v3.7.1(2019.1.25) 。
cytoscape安装有这么几个特点:
(1) 软件安装包分为不同操作系统(windows、Mac和Linux)和不同系统版本(64位和32位系统)
(2) windows和Mac系统安装,都需要Java支持,需提前安装Java 8
(3) cytoscape软件有不同的版本,同一台电脑可以同时安装两个及以上的版本 。
(4) 安装路径不允许出现中文路径
下面介绍Java 8的下载安装,网址:https://www.java.com/en/download/ 。
Java8的下载安装要注意也要分不同操作系统和版本,也不要安装的中文路径下面 。
Java8安装成功之后,就可以安装cytoscape软件了 。
Cytoscape的安装成功之后,我们打开之后界面如下图所示 。我们先学习其中的最常用的打开(open)、保存(save)、导入(Import)和导出(Export) 。
(1) 打开(open)是指打开一个cys后缀名的文件 。
(2) 保存(save)指将制作好的网络图保存为可编辑的cys格式文件 。
(3) 导入(Import)指导入“关系对”文件或“节点属性”文件 。导入文件是需要提前生成的txt、csv、xls、tsv等格式文件 。
好了,今天我们就先说这些了 。后续我们会继续讲解
(二)三大属性调整:节点属性、边的属性和背景属性;
【网络进度计划图用什么软件做 网络图软件哪个好用】(三)规则修改;
(四)网络layout;
(五)app插件
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